Noch nicht alle Krebsregister arbeiten im vollständigen Regelbetrieb mit stabilen und schnellen Vergütungsprozessen. Besonders in den Bundesländern, die das „Gießener Tumor-Dokumentations-System“ (GTDS) einsetzen – das sind derzeit (Stand Mai 2024) alle neuen Bundesländer sowie Berlin, Hessen und Bayern – dauern bestimmte Abläufe noch länger. Das betrifft insbesondere die Auszahlung der Meldevergütung und das Rückmeldesystem bei abgelehnten Meldungen. Alle Register arbeiten jedoch intensiv an der Optimierung dieser Prozesse, sodass mit einer schrittweisen Verbesserung zu rechnen ist.